Летные испытания первого экземпляра были настолько удачными, что через три недели после их начала взлетает второй летный и обеспечивает Юнкерсу получение сертификата годности пассажирского самолета к эксплуатации на авиалиниях. Однако действующий запрет союзников-победителей пока не позволяет эксплуатировать этот самолет в Германии. Но Хуго верит в коммерческий успех 13-го и ради этого меняет его обозначение на F-13. На первом летном появилась возможность поменять двигатель на более мощный BMW Ilia — 185 л. е., и Хуго решает продемонстрировать всем, что его пассажирский самолет с таким мотором — лучший в мире. Число 13 будет благоприятным. В этот ясный день, 13 сентября 1919 года, топливные баки машины заправили только наполовину.
Эмиль Монц с семью пассажирами, вес которых вместе с ним составил 515 кг, через полтора часа после взлета забрался на высоту 6750 м, превысив рекорд Ньюпора шестилетней давности на 630 метров. Мировой рекорд самолета Юнкерса был неофициальным, поскольку разбитая Германия не была членом ФАИ. Но он хорошо послужил рекламе самолета. Этот первый J-13 проживет долгую жизнь, почти четверть века. После заводских испытаний его продадут в авиакомпанию BAYERISCHER, где назовут «Герта». В 1920-м его конфискуют победившие в войне союзники, но Юнкере получит его обратно к себе на фирму, и его назовут по имени дочери Юнкерса «Аннелиза».
В апреле 1922-го он вернется обратно в авиакомпанию BAYERISCHER LUFT-LLOYD, но теперь его назовут «Нахтигаль» в январе 1926 года он попадает в Люфтганзу, где будет возить пассажиров двенадцать лет, а потом еще два года в авиакомпании HANSA FLUGDIENST. В январе 1940-го его мобилизуют в Люфтваффе. Во время шторма в ноябре 1940-го он получит неремонтируемые повреждения, его спишут и передадут в Немецкий авиационный музей в Берлине.
Там он погибнет в январе 1943-го во время воздушного налета. Пассажирский F-13 будет основной продукцией Junkers Flugzeugwerk A. G. в ближайшие годы. В различных модификациях он продержится на производственных линиях в Дессау еще десять лет. Из 322 выпущенных машин часть окажется в эксплуатации в Советском Союзе и будет перевозить пассажиров на линиях Москва — Нижний Новгород, Москва — Казань, Ташкент — Алма-Ата и Ташкент — Бухара.