Весной 1934 года Хуго Юнкере регистрирует в Мюнхене последнюю свою компанию «Исследовательский институт профессора Юнкерса» с офисом на Кенигинштрассе. Нанимает сотрудников и создает проекты высотных домов и систем их кондиционирования. Ему разрешают кататься в Мюнхен и обратно. Эта компания должна защитить его права на те идеи, которые он вкладывает в конструкции высотных зданий. А новые идеи рождаются в голове битого профессора в огромном количестве и касаются они всего, о чем он думает. За это короткое время, что теперь Господь Бог отпустил ему, Хуго Юнкере получает три патента на конструкции домов и три патента на технологические процессы и приспособления. Но есть неавиационные двигатели, и на их конструкции Хуго получает восемь патентов. Но борьба гражданина и ученого за свои права продолжалась. Юнкере посылает заявления, прошения и требует своей реабилитации. Мильх и Геринг в свою очередь хотят, чтобы бывшие компании Юнкерса полностью были государственными. Но для этого надо отнять у профессора оставшиеся у него 49% акций. Хуго пишет письмо Герингу с требованием рассмотрения его уголовного дела судом присяжных. А Геринг просит экономического консультанта Гитлера, доктора Кепплера, найти пути изъятия у Юнкерса оставшихся у него акций и полностью вводит доктора в курс «дела» Юнкерса. Первая же встреча с этим финансовым иезуитом стоила Юнкерсу огромного здоровья, но он устоял. Однако организм гения начал сдавать на глазах его родных. В конце сентября случился приступ дикой боли в животе. Хуго отвезли в госпиталь. Там поставили Диагноз — острое воспаление поджелудочной железы. Срочно сделали операцию по удалению камней в желчном пузыре. Вконец ослабевшего профессора отвезли в близлежащий горный санаторий Мурнау, который славился успешными методиками реабилитации тяжелых больных. И действительно, произошло чудо — Хуго пошел на поправку. Он начал говорить о своих проектах высотных домов, о новых веяниях в архитектуре, стал интересоваться новостями и событиями в стране. Хуго Юнкерс снова стал деятельным и творческим руководителем небольшого коллектива своего исследовательского института. Он даже решает переселиться поближе к своему офису — покупает большой дом для всей семьи в уютном городке Гаутинг, окруженном лесами и расположенном всего в 17 км юго-западнее Мюнхена. Он перевозит туда свою огромную библиотеку и устраивает теплый вечер новоселья. Этот дом станет его последним пристанищем на земле. Сердце Хуго Юнкерса больно защемило, когда у себя в офисе он увидел зловещую фигуру доктора Кепплера, приехавшего из Берлина. Начались нудные и запутанные переговоры с угрозами. В тихом шипящем голосе Кепплера слышались то призывы к гражданской совести Юнкерса, который своей жадностью мешает развитию авиационной промышленности возрождающейся Германии, то страшные кары, которые неминуемо обрушатся на семью Юнкерса за его саботаж и срыв важнейших государственных программ. Хуго защищался. Ему казалось, что его доводы были логически безукоризненными. Он пытался достучаться до сердца и порядочности этого образованного чиновника и до тех, кто его послал. Он вкладывал в слова пронзительный крик своей израненной души. Хуго знал, что его отказ неминуемо приведет в движение отлаженный механизм изощренных репрессий. Мысль о страданиях его близких жгла сердце, но он ничего не мог с собой поделать. Когда доктор Кепплер уехал, Хуго стало плохо. Его привезли домой, он слег в постель и больше не вставал. Хуго Юнкерс тихо умер в начале дня, когда ему исполнилось 76 лет. Весть о кончине Юнкерса облетела Германию и все развитые страны. Нацисты тщательно скрывали организованные ими уголовные преследования, заказные судебные решения, аресты и шантаж в отношении всемирно известного авиаконструктора. Была пущена лживая легенда, что профессор Юнкерс по собственному желанию решил оставить свою производственную деятельность и заняться научными исследованиями, которые его особенно интересовали. Нацисты решили провести государственные похороны и послали на них заместителя фюрера по партии и пилота-любителя Рудольфа Гесса. В зеленом массиве Вальдфридхоф, на полдороге между Гаутингом и центром Мюнхена, находится главное его кладбище. Здесь 9 февраля 1935 года огромное число людей прощалось с гением немецкого народа, скромным и трудолюбивым профессором Юнкерсом. Траурные речи произнесли пастор Вернер и многолетний помощник и руководитель технической службы консорциума Юнкерса доктор Отто Мадер. Как ни кощунственно это прозвучало для семьи покойного, заключительную Речь на церемонии произнес председатель Имперского верховного суда доктор Шимонс. Он с величайшей «скорбью» отметил, что профессор Юнкере навеки прославился своими глубокими научными исследованиями и решениями технических проблем, результатами которых были великолепные машины.