Создать совместное предприятие из фирм Юнкерса и Фоккера предложили военные. И Антон Фоккер уже не мог отказать высоким авиационным начальникам, которые попросили его помочь Юнкерсу наладить серийное производство хорошего «пехотного самолета». Фоккер явился к Юнкерсу и осмотрел производство самолетов на заводе JCO. Он предложил организовать новый авиационный завод в Дессау и 50% акций будущей совместной компании.

Вклад Юнкерса в новую компанию включал сам объект производства и продаж, участок земли для нового завода, оснастку, инструменты и материалы. Новая самолетостроительная компания Junkers-Fokker Werke AG (JFA) с капиталом 2,6 миллиона марок при равных долях Юнкерса и Фоккера образована 20 октября 1917 года. Фоккер отвечал за боевую эффективность выпускаемых самолетов, а Юнкере — за их конструкцию. Директор завода JCO Герман Шлайсинг был назначен исполнительным директором JFA. Успешно работающий авиазавод Фоккера в пригороде Берлина Рейникендорф, выпускающий его истребители, служил образцом.

Отдел производства самолетов завода JCO вошел в новую компанию как составная часть. Контракт с Юнкерсом и Фоккером на поставку ВВС Германии дополнительно 100 самолетов Junkers-1 был подписан 6 ноября 1917 года. Новый авиационный завод совместной компании строился быстро и осваивал машину Юнкерса. В начале года на заводе работало 522 человека, но уже в ноябре их стало 1070. Выпуск самолетов удвоился. В октябре выпускали по машине в день. Повседневное решение множества возникающих технических проблем незаметно перешло в руки команды Юнкерса.

Фоккер был очень занят проблемами своих заводов и самолетов, улучшать конструкцию самолета Юнкерса не входило в его планы. В сущности они с Юнкерсом были конкурентами и не хотели делиться своими секретами. Когда Германия 11 ноября 1918 года подписала капитуляцию перед западными противниками, Фоккер посчитал, что теперь с Юнкерсом можно расстаться.

Его люди покидали Дессау. Фоккер, по своей манере заимствовать чужие удачные решения, даже дал команду своим сотрудникам перетаскивать на его завод в Шверине все технологические и конструктивные находки Юнкерса. Соглашение об условиях прекращения партнерства Юнкерса и Фоккера, которое продлилось немногим более года военного времени, было достигнуто 3 декабря.

Фоккер полностью уходил из Дессау, оставляя новый авиационный завод, который выпустил более трехсот разных самолетов Юнкерса. У Фоккера уже были планы покинуть побежденную Германию.

Теперь, кроме значительно расширившегося конструкторского бюро и опытного производства, Хуго Юнкере получил в свое полное владение отлаженный серийный завод. Это был неплохой подарок, который он сделал себе к 60-летнему юбилею. Незадолго до этого Технический университет Мюнхена присудил ему почетную степень доктора инженерных наук. На базе серийного завода в марте 1919 года Хуго Юнкере регистрирует в Дессау новую самолетостроительную компанию Junkers Flugzeugwerk A. G. (JFA) и занимает посты председателя правления и председателя совета директоров. Всего дюралевых «летающих танков» со стальной броней в Дессау было выпущено 227. Именно освоение производства тонких гофрированных листов дюраля позволило Юнкерсу создать свой первый серийный самолет, но пока шло их серийное производство, конструкторы Юнкерса разрабатывали множество других проектов дюралевых самолетов.